目錄樹的主要部分有root（/）、/USR、/var、/home等等。下面是一個典型的linux目錄結構如下： 
/ 根目錄 
/bin 存放必要的命令 
/boot 存放內核以及啟動所需的文件等 
/dev 存放設備文件 
/etc 存放系統的配置文件 
/home 用戶文件的主目錄，用戶數據存放在其主目錄中 
/lib 存放必要的運行庫 
/mnt 存放臨時的映射文件系統，我們常把軟驅和光驅掛裝在這里的floppy和cdrom子目錄下。 
/proc 存放存儲進程和系統信息 
/root 超級用戶的主目錄 
/sbin 存放系統管理程序 
/tmp 存放臨時文件的目錄 
/usr 包含了一般不需要修改的應用程序，命令程序文件、程序庫、手冊和其它文檔。 
/var 包含系統產生的經常變化的文件，例如打印機、郵件、新聞等假脫機目錄、日志文件、格式化后的手冊頁以及一些應用程序的數據文件等等。建議單獨的放在一個分區。[separator] 

典型的/usr目錄如下： 
/X11R6 存放X Window系統 
/bin 存放增加的用戶程序 
/dict 存放字典 
/doc 存放追加的文檔 
/etc 存放設置文件 
/games 存放游戲和教學文件 
/include 存放C開發工具的頭文件 
/info 存放GNU信息文件 
/lib 存放庫文件 
/local 存放本地產生的增加的應用程序 
/man 存放在線幫助文件 
/sbin 存放增加的管理程序 
/share 存放結構獨立的數據 
/src 存放程序的源代碼 
由于/usr中的文件不和特定的計算機相關，也不會在通常使用中修改，因此可以通過網絡共享這個目錄（文件系統），這樣，當管理員安裝了新的軟件之后，所有共享這一文件系統的計算機均可以使用新的軟件。 
Linux繼承了unix操作系統結構清晰的特點。在linux下的文件結構非常有條理。但是，上述的優點只有在對linux相當熟悉時，才能體會到。現在，蟲蟲就把linux下的目錄結構簡單介紹一下。 
/vmlinuz 
　　我們已經知道，每一個linux都有一個內核（vmlinuz），我們在這個內核上添加上可以完成各種特定功能的模塊，每個模塊就體現在 linux中各種不同的目錄上。當然，各種不同的發行套件，其目錄有細小的差別，但主要結構都是一樣的。我們還要將linux的功能模塊和各種應用程序結合起來，這樣，才能使你的 linux系統為你服務。在/vmlinuz目錄下存放的就是系統的內核。還記得我們在配置Lilo時，提到過這個內核嗎？ 
/bin 
　　顯而易見，bin 就是二進制（binary）英文縮寫。在一般的系統當中，你都可以在這個目錄下找到linux常用的命令。在有的版本中你還會找到一些和根目錄下相同的目錄。 
/boot 
　　在這個目錄下存放的都是系統啟動時要用到的程序。我們在使用lilo引導linux的時候，會用到這里的一些信息。 
/dev 
　　dev 是設備(device)的英文縮寫。這個目錄對所有的用戶都十分重要。因為在這個目錄中包含了所有linux系統中使用的外部設備。但是這里并不是放的外部設備的驅動程序。這一點和我們常用的windows, dos操作系統不一樣。它實際上是一個訪問這些外部設備的端口。我們可以非常方便地去訪問這些外部設備，和訪問一個文件，一個目錄沒有任何區別。例如：我們在系統中鍵入：cd /dev/cdrom 我們就可以看到光驅中的文件了。同樣道理，我們鍵入：cd /dev/mouse 就可以看看鼠標的相關文件。在這個目錄下，有一個null設備，這個東西本身沒有任何意義。如果你向這個目錄寫入文件或內容，他們統統有去無回。
/cdrom 
　　這個目錄在你剛剛安裝系統的時候是空的。你可以將光驅文件系統掛在這個目錄下。例如：mount /dev/cdrom /cdrom 
/etc 
　　etc這個目錄是linux系統中最重要的目錄之一。在這個目錄下存放了系統管理時要用到的各種配置文件和子目錄。我們要用到的網絡配置文件，文件系統，x系統配置文件，設備配置信息，設置用戶信息等都在這個目錄下。以后，蟲蟲還會詳細講解這個目錄下的內容。 
/sbin 
　　這個目錄是用來存放系統管理員的系統管理程序。 
/home 
　　如果我們建立一個用戶，用戶名是"xx",那么在/home目錄下就有一個對應的/home/xx路徑，用來存放用戶的主目錄。 
/lib 
　　lib是庫（library）英文縮寫。這個目錄是用來存放系統動態連接共享庫的。幾乎所有的應用程序都會用到這個目錄下的共享庫。因此，千萬不要輕易對這個目錄進行什么操作，一旦發生問題，你的系統就不能工作了，到時候你別說蟲蟲沒有提醒你呀。 
/lost+found 
　　這個目錄在大多數情況下都是空的。但是如果你正在工作突然停電，或是沒有用正常方式關機，在你重新啟動機器的時候，有些文件就會找不到應該存放的地方，對于這些文件，系統將他們放在這個目錄下，就象為無家可歸的人提供一個臨時住所。 
/mnt 
　　這個目錄在一般情況下也是空的。你可以臨時將別的文件系統掛在這個目錄下。 
/proc 
　　可以在這個目錄下獲取系統信息。這些信息是在內存中，由系統自己產生的。 
/root 
　　如果你是以超級用戶的身份登錄的，這個就是超級用戶的主目錄。 
/tmp 
　　用來存放不同程序執行時產生的臨時文件。 
/usr 
　　這是linux系統中占用硬盤空間最大的目錄。用戶的很多應用程序和文件都存放在這個目錄下。